Over het gedrag in de vrije natuur zijn nauwelijks gegevens bekend, behalve dan dat het goede zwemmers zijn. Vanwege zijn grotendeels aquatiele leefwijze zal de kaaimanteju lijden onder watervervuiling. Ook de handel in hun huid en de ontbossing zal invloed hebben op hun voorkomen. In de gebieden waar gezonde populaties leven schijnt de soort in grote aantallen voor te komen.

De kaaimanteju legt eieren. In de literatuur wordt meestal beschreven dat ze deze in de verlaten nesten van boomtermieten leggen. De eieren zouden ongeveer 7,5 cm lang zijn. Over de grootte van het legsel, het paarseizoen, de legtijd en de broedduur is niets te vinden. Het paartje dat in Reptielenzoo Iguana leeft heeft zich nog niet voortgeplant. Als hier verandering in komt zal er hier zeker melding van gemaakt worden. Volgens de gegevens van ISIS zijn er dit jaar in geen enkele dierentuin kaaimanteju´s geboren.