De Seychellen-Reuzenschildpad kwam oorspronkelijk alleen voor op het Aldabra atol in de Indische Oceaan. Dit atol vormt samen met de Comoren een provincie van de Seychellen. Het Aldabra atol ligt in de Straat van Mozambique, ongeveer 400 km ten noordwesten van Madagaskar en 680 km ten oosten van het Oost-Afrikaanse vasteland. Het atol is onbewoond; wel zijn er altijd enkele wetenschappers op het atol om onderzoek te doen. In 1976 is het atol in zijn geheel tot natuurreservaat uitgeroepen en sinds 1982 staat het op de Wereld-erfgoed-lijst.

Deze soort wordt, in tegenstelling tot de Galapagos-Reuzenschildpad, niet acuut met uitsterven bedreigd. Van laatstgenoemde zijn er nog slechts tussen 10.000 en 15.000 exemplaren bekend die veel te lijden hebben van verwilderde huisdieren en toenemend toerisme op de Galapagos-eilanden. Deze twee factoren spelen op Aldabra een veel kleinere rol. Het feit dat de Seychellen-Reuzenschildpad slechts voorkomt op enkele eilanden maakt hem tot een kwetsbare soort. Zo is het bijvoorbeeld denkbaar dat een orkaan een groot deel van het atol verwoest waardoor de schildpaddenpopulatie behoorlijk te lijden zou hebben. De biotoop waarin deze schildpadden leven bestaat uit grasland, struikgewas, mangroven, moerassen en de kustduinen.

Het atol is 35000 hectare groot (34 km lang en 14,5 km op het breedste deel) en bestaat uit vier grote eilanden en een aantal kleintjes. De gemiddelde jaartemperatuur is minimaal 22°C. en maximaal 31° C. en er valt jaarlijks gemiddeld 1200 mm regen. Dit laatste kan van jaar tot jaar erg verschillen. De regentijd duurt van december tot en met april en het droge seizoen duurt van mei tot en met november. Op dit atol leven ongeveer 100.000 reuzenschildpadden, verspreid over de eilanden Malabar, Grand Terre en Picard . Ook op een aantal andere eilanden van de Seychellen komen tegenwoordig reuzenschildpadden voor. Hier gaat het dan om huisdieren of verwilderde huisdieren.